Velmi potřebná a dlouho očekávaná rekonstrukce filipovských varhan byla konečně 17. listopadu zahájena. První dny usilovné práce zručných varhanářů a jejich pomocníků firmy Hermann Eule - Bautzen jsou především ve znamení demontáže píšťal, píšťaliště a mechanických částí, které je třeba čistit, opravit, či dokonce znovu vyrobit. Destruktivní roli zde po dlouhá desetiletí sehrával červotoč a varhanářům připravil nemalé starosti.
Celkový rozpočet na opravu a sanaci tohoto vzácného nástroje z roku 1888 dosahuje téměř k jednomu milionu korun. Z jedné poloviny jsou náklady kryty finančními prostředky od dárců a sponzorů, poutníků a pravidelných návštěvníků varhanních koncertů. Pro krytí druhé poloviny nákladů je očekávána podpora z Česko-německého fondu budoucnosti.
V levé části chrámové lodi firma Eule dočasně instalovala varhanní pozitiv, aby bazilika nezůstala bez posvátného zvuku varhan. Ten je možné slyšet především při bohoslužbě.
Rekonstrukce varhan je plánována do 20. června 2009. Pro milovníky varhanní hudby a návštěvníky letních varhanních koncertů v bazilice Panny Marie ve Filipově je již nyní připravován III. ročník cyklu Varhanní duchovní hudba ve Filipově.