REFORMACE A REKATOLIZACE
Na počátku 16. století podléhal rumburský kostel stále pražské metropolitní konsistoři, byl tedy katolický. Josef Demel uvádí, že roku 1526 bylo město úplně luteránské a že první luteránský kazatel se jmenoval Zöckel, ovšem Jan Smetana má jiný názor: "Přestože se někdy uvádí, že Rumburk sám se přihlásil k myšlenkám Martina Luthera již v roce 1526, či že zde již v roce 1527 působil luterský kazatel, neexistuje pro to žádný soudobý doklad." Naopak ještě v roce 1546 konsekroval (konsekrace - slavnostní svěcení kostela, oltáře, kalicha nebo zvonů. - pozn. red.) novostavbu zdejšího kostela míšeňský biskup a v letech 1546-1548 zde působil katolický kněz Kilián. Georg ze Schleinitz roku 1546 v Rumburku věznil čtyři týdny faráře ze Spitzkunnersdorfu Mertena, který se odvážil kázat reformní učení ve filiálním kostele v Leutersdorfu, jehož část patřila k rumburskému panství. Existují dokonce náznaky, že se uvažovalo o zřízení kolegiátní kapituly v Rumburku, jejímž proboštem se měl stát Ernst ze Schleinitz, bratr majitele panství, který se věnoval duchovnímu stavu. Byl konkrétně kapitulním proboštem v Míšni a v Praze a roku 1539 dokonce administrátorem pražského arcibiskupství. Schleinitzská "zemička" ve Šluknovském výběžku se bránila pronikání luterství sice houževnatě, ale marně. Po smrti Ernsta ze Schleinitz ( 1548) padla pro ostatní členy rodu hlavní překážka, která jim bránila v přijetí německé reformace. V 50. letech sice ještě Schleinitzové na straně reformace výrazně nestojí, ale jedna farnost za druhou dostává tiché "placet" (svolení - pozn. red.) k obsazení evangelickým duchovním. V okolí Rumburku kázal jako první luterskou nauku M. Merten z Kunnersdorfu. Z nedatované zprávy hraběte Zdeňka z Kolovrat císaři, která pochází z doby okolo poloviny 20. let 17. století, vyplývá, že se obyvatelé panství Kamenice, Lipová a Rumburk tvrdošíjně drželi luterského vyznání. Někdejší rumburský diakon Förster, který odtud v roce 1631 uprchl do nedalekého Seif-hennersdorfu za saskými hranicemi, kde rekatolizace nebyla prováděna, vykonával i nadále pro rumburské měšťany i okolní poddané tajné bohoslužby a udílel svátosti. Do Rumburku byli tedy povoláni jezuité. 29. 12. 1636 přišli kazatelé Pavel Koweindl a Pavel Stephanides. V knize jezuity Pavla Stephanida se píše: "Zůstali jsme tu po celý rok a město Rumburk jsme obrátili celé." Přestože se misie konaly každoročně, neměly dlouhotrvalejší úspěch, neboť při opakujících se vpádech saských a švédských armád, které bojovaly pod prapory protestantismu, se vše rychle vracelo ke starému. Přestože legální možnost odchodu do exilu se týkala pouze lidí osobně svobodných, ne tedy poddaných, začal po roce 1656 nový majitel panství Frantz Eusebius hrabě Pötting řešit situaci značně svérázně. Součást rumburského dominia tvořily totiž také enklávy v sousedním Sasku, na něž se obnovené zřízení zemské nevztahovalo. Tamní dominikální majetek byl rozparcelován a pronajímán neústupným zastáncům luterství. Tak vznikla v letech 1657-1658 nová obec Neugersdorf, založená převážně rumburskými vystěhovalci. Liteře zákona tak bylo učiněno zadost, neboť tito lidé nežili na území Čech a současně to vyhovovalo i vrchnosti, která nepřišla o poddané, kteří jinak často utíkali ze země potajnu. Podle seznamu, pořízeného v roce 1677 biskupskou konzistoří v Litoměřicích, bylo v Rumburku 54 osob, které "nevykonávaly pravidelnou zpověď", což znamená, že byli skrytými nekatolíky. Hlavní potíže rekatolizace spočívaly ve dvou problémech. Jedním z nich byla bezprostřední blízkost luterského Saska, druhým nedostatek světských kněží. Významným obohacením duchovního života města byl proto na konci 17. století vznik kapucínského kláštera. Tento klášter pro dvanáct řeholníků založil Antonín Florián z Liechtensteinu se souhlasem císaře Leopolda I. roku 1682. Stavba byla dokončena (společně s klášterním kostelem sv. Vavřince) roku 1690 a již v průběhu výstavby žili v Rumburku čtyři kapucíni.